In questa sezione è descritto il processo di impostazione, modifica e funzionamento dei conti di GnuCash. In GnuCash un conto è uno strumento essenziale per organizzare la registrazione della provenienza e della destinazione del denaro. GnuCash estende inoltre il concetto di conto reale, quali il conto bancario od un conto di prestito, per abbracciare anche entrate ed uscite. Questo permette di conoscere immediatamente dove il denaro è stato speso e a quanto ammontano entrate ed uscite. GnuCash imposta il tipo di conto (come descritto nella sezione seguente) per assistere nell'organizzazione e nel raggruppamento dei conti. I tipi di conti possono essere utilizzati per creare una struttura dei conti.