Le modifiche alla struttura dei conti possono essere fatte direttamente dal riquadro della finestra di modifica del conto. E' possibile spostare un conto in qualsiasi parte della struttura. Si raccomanda di mantenere i conti raggruppati a seconda del tipo come descritto nella sezione sui tipi di conti in GnuCash; questo aiuta a preservare lo schema della struttura dei conti..

Per spostare il conto selezionato in un differente conto padre è sufficiente selezionare il conto nel riquadro del conto padre. Se viene selezionato "Nuovo conto di livello principale" allora il conto verrà spostato al livello principale.