Una transazione in un sistema contabile a partita doppia come GnuCash, rappresenta uno scambio tra almeno due conti. Quindi una transazione deve coinvolgere almeno due parti, un conto di origine da e un conto di destinazione a. Il conto da trasferisce valore al conto a. I contabili individuano queste parti di una transazione come voci del libro mastro. In GnuCash prendono invece il nome di suddivisioni.

Per esempio, si consideri lo stipendio che si riceve e che viene depositato nel proprio conto di risparmio in banca. La transazione avviene poiché il conto di risparmio (appartenete alle attività) riceve il denaro dal conto delle entrate. Due conti sono interessati dall’operazione e, in questo caso, si verifica anche un aumento del capitale.

Le operazioni con le transazioni in GnuCash avvengono in quello che viene denominato registro contabile; a ogni nuovo conto che viene creato è automaticamente associato un registro contabile. Il registro apparirà familiare dato che è molto simile al registro per tenere traccia degli assegni.