Se è necessario rimuovere una transazione dal registro, selezionarla e premere l'icona Elimina nella barra degli strumenti oppure andare in Transazioni -> Elimina transazione. Verrà visualizzata una finestra di conferma dell'eliminazione, a meno che non siano state cambiate le preferenze. La finestra propone due opzioni "Ricordalo e non chiedermelo ancora" e "Ricordalo e non chiedermelo ancora in questa sessione". La risposta verrà impostata in base all'opzione selezionata. La scelta può essere annullata attraverso il comando Operazioni -> Ripristina avvisi. Sezione 9.5.

E' possibile rimuovere anche solo alcune parti della transazione premendo il pulsante Suddivisione sulla barra degli strumenti o selezionando Operazioni -> Suddividi transazione. La parte della transazione da cancellare può essere selezionata per l'eliminazione.