GnuCash visualizza degli avvisi quando si cerca di effettuare determinate operazioni, come rimuovere una transazione o le suddivisioni da una transazione. La finestra di avviso presenta l'opzione di non visualizzare più questi messaggi alla ripetizione dell'operazione. Le caselle "ricorda e non chiedermelo ancora" e ricorda e non chiedermelo ancora in questa sessione", permettono di disabilitali. L'opzione «azzera avvisi» permette di ripristinare gli avvisi di default, cioè abilita la visualizzazione dei messaggi. Gli avvisi possono essere abilitati in modo selettivo.