O GnuCash avisa quando são tentadas certas operações, tais como remover uma transação ou remover parcelas de uma transação. As mensagens de aviso dão-lhe a opção de não receber os avisos quando tentar as operações. As caixas rotuladas Lembrar e não perguntar novamente e Lembrar e não perguntar novamente nesta sessão permitem desativar estes avisos. Esta opção permite repor os avisos predefindos ou seja,voltar a receber avisos. Os avisos podem ser ativados seletivamente.